Mise au point en 2002, l’empreinte en eau calcule la masse d’eau nécessaire à la fabrication de biens, de services ou de produits, tout au long de la chaîne de production. Par exemple, produire un kilo de viande de bœuf nécessite 15 400 litres d’eau contre 2 500 litres pour un kilo de riz et 1 600 litres pour un kilo de blé. L’élevage bovin est en effet grand consommateur de maïs, soja et autres céréales, dont la culture nécessite d’importantes irrigations. Par ricochet, l’empreinte en eau montre qu’un Américain, grand mangeur de viande, a une empreinte en eau cinq fois supérieure à celle d’un Chinois. L’Allemagne, grand importateur de produits agricoles, laisse quant à elle une forte empreinte en eau au Brésil (importation de soja destiné à l’élevage bovin), en Côte d’ivoire (importation de café et de chocolat)... et en France (importation de produits céréaliers).
Si « l’eau est devenue une priorité pour un certain nombre d’entreprises », le CDP Water Disclosure Project constate « des divergences sur la méthodologie utilisée ». Pour combler l’absence de standards internationaux dans ce domaine, l’organisation ISO travaille actuellement à la création d’une nouvelle norme ISO 14046 « Empreinte eau – Exigences et lignes directrices », laquelle compléterait les normes existantes sur l'analyse du cycle de vie (ACV) et celles relatives au management environnemental et à la comptabilisation des GES.