Ingénieur en charge de l'intégration des données de l'Entrepôt de Données de Santé (EDS) hospitalier du CHU de Bordeaux - H/F

Ingénieur en charge de l'intégration des données de l'Entrepôt de Données de Santé (EDS) hospitalier du CHU de Bordeaux - H/F

CDD

Descriptif du poste :

Contexte
L'unité d'Informatique et d'Archivistique Médicale (IAM), en lien étroit avec la Direction des Systèmes d'Information et du Numérique (DSIN) du CHU de Bordeaux, met en place un Entrepôt de Données de Santé (EDS) basé sur les modèles i2b2 et OMOP pour faciliter l'utilisation secondaire des données à des fins de recherche, d'amélioration de la pertinence et de la qualité des soins.
Le CHU de Bordeaux, au travers d'une réponse commune avec les CHU de Poitiers et de Limoges portée par le groupement de coopération sanitaire (GCS) NOVA, est l'un des lauréats de l'appel à projet national « accompagnement et soutien à la constitution d'entrepôts de données de santé hospitaliers ». Dans ce cadre, le CHU de Bordeaux va mettre en production son EDS dans un environnement technique et de gouvernance conforme au référentiel CNIL.
L'unité IAM est composée de quatre médecins spécialisés en informatique médicale, de trois data-scientist, d'un ingénieur data, de deux à quatre stagiaires (internes en médecine, ingénieurs et externes en pharmacie). La gestion des flux de données et le développement de la couche applicative de l'EDS du CHU de Bordeaux est internalisé dans cette unité médicale. La gestion des flux de données est organisée comme suit :
Intégration des données individuelles patients dans l'EDS du CHU de Bordeaux (modèle i2b2) :
Identification des données pertinentes à intégrer dans le Système d'Information Hospitalier
Réalisation des processus d'Extraction / Transformation / Chargement (ETL) depuis l'INFOCENTRE patient (réplica des bases de données relationnelles de production) vers l'EDS. L'ETL et son orchestration est réalisé au travers de Talend Open Studio
Intégration des référentiels standards et locaux médicaux
Standardisation des données au format OMOP
L'ouverture aux utilisateurs finaux des outils développés au sein de l'EDS nécessite de maintenir les flux de données et de métadonnées (ETL) au cours du temps afin de garantir un service de qualité pour les utilisateurs (intégration des nouvelles sources de données en lien avec l'évolution du Système d'Information Hospitalier). Par ailleurs, avec la montée en charge de l'utilisation, il sera nécessaire de mettre en place des processus d'évaluation de la qualité des données intégrées, et des mesures correctives le cas échant. Enfin, les utilisateurs devront être formés à l'utilisation des outils pour interroger ces données complexes, dans l'objectif de les autonomiser.
Description de la mission
Sous la responsabilité des médecins de l'unité IAM, l'ingénieur aura quatre missions principales :
Maintenir et faire évoluer les flux de données et de métadonnées depuis le Système d'Information du CHU de Bordeaux vers les EDS au format i2b2 et OMOP
Implémenter l'orchestration des ETL au travers de librairies à l'état de l'art (Apache Airflow / Spring Cloud Data Flow)
Contribuer à l'évaluation de la qualité et de la complétude des données de l'EDS en lien avec la pertinence des résultats obtenus
Contribuer à la formation des utilisateurs à l'utilisation des outils et des données de l'EDS, notamment en documentant l'origine des données et les transformations réalisées lors de l'ETL.
Ces quatre missions nécessiteront de nombreuses interactions avec la DSIN du CHU de Bordeaux et les cliniciens chercheurs des pôles du CHU de Bordeaux. Enfin, un lien étroit avec les data-scientist sera nécessaire afin de garantir l'adéquation des outils et méthodes développés avec la qualité des données sous-jacentes.

Profil recherché :

Aptitudes attendues
Adapter la documentation utilisateur (procédure, manuel utilisateurs, ...) fournie par l'éditeur
Conduire et animer des réunions
Diagnostiquer les dysfonctionnements, les pannes, les incidents réseau, le défaut des matériaux, des équipements et des applications
Élaborer des procédures de secours en cas de défaillance de la solution
Evaluer et documenter les résultats obtenus par rapport aux spécifications
Former et conseiller les formateurs relais dans son domaine de compétences
Mettre en uvre la charte d'utilisation du SI et la charte d'identitovigilance
Mettre en uvre les règles liées à la protection des données
Piloter, animer / communiquer, motiver une ou plusieurs équipes
Recueillir, analyser, formaliser et valider les besoins fonctionnels et non fonctionnels utilisateurs (y compris les interfaces avec les applications existantes et les compléments aux applications informatiques)


Connaissances attendues
Architecture SI métier et fonctionnelle
Informatique, SI et veille technologique
Sécurité informatique / sécurité des systèmes d'information
Gestion de bases de données (interrogation)
Gestion de grands volumes de données (optimisation)
Orchestration des flux de données
Méthodes de contrôle qualité des données
Documentation technique fournie par l'éditeur ou l'intégrateur et
archivage
Méthode de conduite de projet (planification, reporting, analyse de
risques, ...)
Standards et normes applicables (y compris les règles liées à la
protection des données)

Groupe hospitalier Pellegrin
Place Amélie Raba-léon
33076 Bordeaux

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