Détails de l’offre
Poste proposé
Ingénieur Bio Informatique (F/H) - Maladies infectieuses
Contrat
CDI
Descriptif
La biologie et l'anatomo-pathologie aux HCL sont organisées en laboratoire unique appelé Laboratoire de Biologie Médicale MultiSites (LBMMS). Le LBMMS articule son activité autour de 3 centres de biologie et pathologie : Centre de Biologie et de Pathologie Nord (CBPN), Centre de Biologie et de Pathologie Sud (CBPS), Centre de Biologie et de Pathologie Est (CBPE). Il comprend aussi le service d'immunologie biologique d'HEH et le service de biologie de la reproduction situé à l'HFME. Chaque centre de biologie et de pathologie est coordonné par un coordonnateur médical assisté d'un adjoint, et un coordonnateur non médical cadre supérieur de santé. Le groupement NORD est présenté sur www.chu-lyon.fr
La plateforme de génomique à visée diagnostique et épidémiologique des maladies infectieuses (genEPII) est intégrée à l'institut des Agents Infectieux (IAI) qui regroupe les activités de Virologie, Bactériologie et Parasitologie-Mycologie. A cela, s'ajoutent 4 Centres Nationaux de Référence (CNR) de Bactériologie et de Virologie. Les CNR réalisent des analyses spécialisées afin de répondre aux missions d'expertise et de conseils qui lui sont confiées par Santé Publique France. En lien avec les CNR, la plateforme genEPII est en charge de la caractérisation génomique de différents pathogènes dont le SARS-CoV-2, les virus de la grippe, les Légionelles et les Staphylocoques. La plateforme, située sur le site de l'hôpital de la Croix-Rousse, regroupe une équipe motivée et dynamique, constituée de techniciens, ingénieurs, bioinformaticiens et de biologistes. Elle est équipée avec les technologies de séquençage les plus innovantes actuellement.
MISSIONS
D'être référent de l'équipe sur des projets variés allant du séquençage de routine aux approches omiques au sens large.
Aider à la gestion des demandes venant des différentes équipes du laboratoire.
De manière autonome, évaluer, choisir, adapter et implémenter les méthodes d'analyses répondant aux besoins biologiques.
Pouvoir participer à la gestion des pipelines d'analyse sous une forme souple, facilement maintenable et produisant des résultats reproductibles (Nextflow, Singularity).
Adapter/modifier les pipelines développés en interne en fonction des nouveaux besoins.
Communiquer avec la Cellule Bio-informatique des HCL et la Direction des systèmes d'information pour assurer l'harmonisation des pratiques et la gestion du parc de serveurs de calculs.
Assurer le flux des données sur la plateforme, du séquençage au stockage durable.
CONDITIONS DE VOTRE EMBAUCHE
Etre titulaire d'un diplôme en bioinformatique (Master 2 ou diplôme d'ingénieur ou thèse)
Expérience d'analyse des données de NGS. Une expérience dans le cadre de l'infectiologie serait souhaitable
Expérience de réponse aux besoins des non-initiés à la bio-informatique.
Expérience de travail dans un laboratoire de biologie moléculaire au sens large.
Connaissances des bases d'Unix et des langages de programmation utilisés couramment en biologie (R, Python).
Connaissances théoriques et pratiques des outils de biologie moléculaire.
Formation en infectiologie en sus de la formation bio-informatique valorisée.
Connaissance des environnements de calcul scientifique et d'un ordonnanceur (OAR, SLURM) appréciée.
Connaissance des bases de données publiques de génétique (RefSeq, Ensembl) appréciée.
Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe.
Bonne maîtrise de l'anglais scientifique et technique.
Aptitudes à la rédaction de méthodes et d'articles scientifiques (français et anglais).
Poste à 100%, sur la base de 7h48/ jour (+20 min de repas)
20 RTT (journée de solidarité à déduire) et 28 CA /an.
Horaires adaptés à l'organisation du travail.
Possibilité de jours de télétravail après 6 mois en poste.
Échelon initial selon l'expérience et le diplôme. Évolution selon la grille indiciaire de la fonction publique hospitalière.
Prise en charge de 75% de l'abonnement de transport en commun et Comité d'Entreprise
CONTACT
Envoyer CV et lettre de motivation à Laëtitia Dubost ([email protected])
Personne à contacter
Etablissement
Hospices Civils de Lyon - HCL (siège)
3 Quai des Celestins BP 2251
69229 Lyon
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