BIOINFORMATICIEN – PLATEFORME DE GENETIQUE MOLECULAIRE

BIOINFORMATICIEN – PLATEFORME DE GENETIQUE MOLECULAIRE

CDD

DIRECTION/SITE :
Direction Activités Médico Techniques SERVICE/POLE : Pôle BMAP

IDENTIFICATION DU POSTE
Grade : Ingénieur
Quotité de travail : 100%,
Horaires et jours travaillés : Lundi au vendredi : 8h00 - 16h00 Responsable(s) hiérarchique(s) : Directeur des Activités Médico Techniques
Responsable(s) fonctionnels(s) : Responsable de l'UF de la
Plateforme Génétique Moléculaire

DEFINITION DU POSTE
La Plateforme de Génétique Moléculaire (PGM) du CHU Clermont- Ferrand développe et met en place les techniques de séquençage haut débit (NGS) pour le diagnostic et la recherche en lien avec l'oncologie, les maladies génétiques constitutionnelles, la greffe, la microbiologie et la virologie.
Le poste d'ingénieur en bio informatique sera dédié aux activités de NGS.

ACTIVITES PRINCIPALES
Conception, mise en place, gestion et optimisation des outils d'analyse et des chaines de traitement de données issues du NGS
dans les domaines du diagnostic médical et de la recherche clinique

COMPETENCES REQUISES
Savoir faire :
* Maitrise de langages de programmation (Perl, Python, bash) et de scripting.
* Maitrise du système d'exploitation Linux.
* Maitrise des outils de l'analyse bioinformatique de données NGS en génomique
(détection de variants nucléotidiques, de structure), transcriptomique (RNA-Seq,
transcrits du fusion) et épigénétique.
* Maitrise du travail sur cluster de calculs.
* Connaissances complémentaires en informatique (réseau, serveur, sécurité).
* Connaissances en création et gestion de bases de données (PHPmySQL).
* Compétences en méthodes de calculs et de graphisme statistiques (R).
* Compétences de base en développement web (PHP, html, javascript).
* Intérêt pour la biologie et les sciences médicales.
* Autonomie dans la prise de décision.
* Capacité à travailler en équipe et en réseau (comme le Réseau Français de
Bioinformatique pour le Diagnostic)
Savoir être:
* Sens du travail d'équipe
* Communication et diplomatie
* Rigueur

DIPLOMES OU EXPERIENCES PROFESSIONNELLES
Bac +5 ou plus
Titulaire d'un Master ou Doctorat en Bioinformatique avec une expérience d'analyse de données dans le domaine du NGS.

RELATIONS PROFESSIONNELLES FREQUENTES
Liste des interlocuteurs externes et internes avec lesquels l'agent peut être en relation dans son espace professionnel :
* l'ensemble des professionnels intervenants sur la Plateforme de Génétique
Moléculaire,
* les praticiens de l'établissement,
* les professionnels de la Direction du Laboratoire.

CONDITIONS PARTICULIERES D'EXERCICE
Liste des conditions et des contraintes spécifiques liées au poste de travail
Types d'horaires : fixes
Contraintes physiques : néant.

CHRU Clermont- Ferrand CHU Estaing
1 place Lucie-Aubrac
63003 Clermont-Ferrand

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