Le programme s’appuie sur trois piliers:
1. l'excellence scientifique;
2. le leadership industriel, pour lequel un budget spécifique a été alloué aux PME;
3. les défis sociétaux, qui traite des préoccupations majeures partagées par les citoyens d'Europe et se concentrera dans des domaines tels que la santé, le climat, la nourriture, la sécurité, les transports et l'énergie.
Le programme Horizon 2020 va introduire des règles simplifiées pour la participation et des mesures visant à élargir la participation de chercheurs dans des régions sous-représentées.
Dans les nouvelles règles, les députés ont également renforcé les contrôles sur financement de l'Union européenne (UE) pour les partenariats public-privé (PPP) et fait en sorte que toutes les publications scientifiques financées par l'UE soient accessibles au public.
Pour favoriser la réalisation des objectifs climatiques de l'UE, les députés consacrent 85% du budget énergétique d’Horizon 2020 (€ 5,4 milliards) pour la recherche sur l'énergie non fossile. 15% de ce montant devraient aller à la recherche sur l'efficacité énergétique.
Le vote final en session plénière du Parlement et au Conseil de l'UE aura lieu dès l’accord sur le cadre financier pluriannuel (CFP), dans lequel un budget indicatif de 70 milliards d'euros est alloué à Horizon 2020.