Le 1er janvier 2009, la République tchèque a succédé à la France à la présidence de l'Union européenne. Plusieurs priorités en matière de santé ont été identifiées pour les six prochains mois. Il s’agira tout d’abord de poursuivre les débats en vue de l’adoption de la directive relative à l’application des droits des patients en matière de soins de santé transfrontaliers proposée par la Commission le 2 juillet 2008. En plus de la mobilité des patients, la présidence tchèque s’intéressera à celle des professionnels de santé. La Commission a d’ailleurs récemment publié un Livre Vert et ouvert une consultation publique sur cette thématique.
Une autre priorité sera celle de l'accessibilité et de la sécurité des organes destinés au don et à la transplantation. Là encore, la Commission a présenté une initiative à la fin de l’année 2008.
La présidence tchèque soutiendra aussi l'initiative de la Commission concernant les maladies rares. La lutte contre les infections nosocomiales est inclue dans l’agenda « santé » de la présidence tchèque, de même que la viabilité financière des systèmes de santé, la télémédecine et le renforcement de l'interopérabilité des systèmes informatisés.
Enfin, la présidence tchèque encouragera les discussions sur le paquet pharmaceutique présenté par la Commission à la fin de l’année 2008. Il porte sur trois sujets : l'amélioration du fonctionnement du système de pharmacovigilance au niveau européen, le renforcement de la chaîne de distribution légale de médicaments contre les médicaments illégaux ou contrefaits et l'information du public sur les médicaments obtenus sur prescription.