L'article 81 qui aborde la question du traitement des données à caractère personnel relatives à la santé, établit que "des mesures appropriées et spécifiques" doivent être fournis en vertu du droit de l'Union européenne ou du droit État membre pour sauvegarder les intérêts légitimes de la personne concernée.
En vertu de l'article 18, le règlement reconnaît également la conservation des données personnelles pour les registres de patients en tant qu'éléments essentiels pour l'amélioration des diagnostics, pour différencier les types de maladies similaires et l'élaboration d'études pour les thérapies. Toutefois, elle soumet le traitement de ces données et d'autres données qui sont jugées nécessaires à des fins de recherche historique, statistiques ou scientifiques à plusieurs conditions et garanties.
Enfin, la mesure phare des propositions de réforme de la Commission dans ses propositions de réforme est le droit à l'oubli et à l'effacement.La proposition de règlement prévoit toutefois l'extension de la conservation des données personnelles si nécessaire "pour des raisons d'intérêt public dans le domaine de la santé publique conformément à l'article 81".
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