L’actuel programme-cadre pour la recherche doit prendre fin en 2013. Ces propositions de la Commission européenne doivent être désormais négociées avec les États membres et le Parlement européen. Pour mémoire, en 2005, elle avait aussi demandé 77 milliards d'euros pour la période 2007-2013 mais n'avait pu, au final, obtenir que 50,5 milliards. Il faut ajouter que la Commission souhaite que ce nouveau programme puisse fonctionner de manière complémentaire avec le système des fonds régionaux de l'UE, ou fonds structurels ; ce que certains États membres n’apprécient pas.
Les financements d'Horizon 2020 seront consacrés à trois objectifs principaux. Le premier vise à faire de l'Union européenne un leader en termes de projets de pointe avec un budget de 24,5 milliards d'euros, dont une partie pour financer le Conseil européen de la recherche (CER) et les études universitaires individuelles. Le second objectif vise l'innovation industrielle avec un budget de 17,9 milliards d'euros, dont 13,7 milliards pour les technologies génériques. La troisième tranche de 31,7 milliards d'euros sera destinée aux « défis de société » répartis dans six catégories : la santé, l’évolution démographique et le bien-être; la sécurité alimentaire, l’agriculture durable, la recherche marine et maritime et la bio-économie; les énergies sûres, propres et efficaces ; les transports intelligents, verts et intégrés; la lutte contre le changement climatique, l’utilisation efficace des ressources et les matières premières; des sociétés inclusives, novatrices et sûres.
La Commission souhaite simplifier les demandes de financement dans le cadre de ce nouveau programme de recherche, en mettant en place deux systèmes au lieu des nombreux utilisés actuellement. Les quatre méthodes existantes pour le calcul des coûts devraient être remplacées par un seul "calculateur". Il sera désormais possible d'obtenir un financement à hauteur de 100% des coûts éligibles, aussi bien directs qu'indirects, ce qui était jusqu'à présent impossible.
Selon les propositions présentées, Horizon 2020 attribuera des labels d'excellence aux universités et aux centres de recherche une fois qu'ils auront démontré un niveau de compétence digne des plus hautes exigences européennes. Certaines régions sous-représentées, souvent situées dans les Etats d'Europe centrale et orientale, seront encouragées à utiliser les fonds structurels pour mettre leurs infrastructures à jour, afin de remporter ces labels, qui leur permettront de recevoir plus de fonds d'Horizon 2020 et d'investisseurs privés.