Lors de son élection pour un second mandat le 18 juillet 2024, elle avait proposé au Parlement européen ses orientations politiques pour la prochaine Commission européenne 2024-2029. Les commissaires-désignés ont reçu de la présidente une lettre de mission fondée sur ces orientations.
La lettre de mission d'Oliver Várhelyi, commissaire-désigné pour la santé et le bien-être animal, comprend plusieurs éléments de la législation précédente, mais aussi de nouveaux dossiers. Parmi eux, on trouve dans les 100 premiers jours un plan d'action européen non législatif sur la cybersécurité des hôpitaux et des prestataires de soins de santé (auquel la commissaire-désignée pour la souveraineté technologique, la sécurité et la démocratie contribuera). Les autres nouveaux éléments sont une proposition de législation sur les médicaments critiques et une autre sur la biotechnologie. (évaluation des technologies de santé, essais cliniques…).
Par ailleurs, elle souhaite l’adoption de plans similaires au plain « Vaincre le cancer » pour les questions de santé mentale, les maladies cardio-vasculaires, dégénératives et autres maladies non transmissibles.
L'Autorité de réaction aux urgences sanitaires est mentionnée dans la lettre, mais aussi dans celle de la commissaire-désignée pour la préparation et la gestion des crises, Hadja Lahbib (qui aura la possibilité de s'inspirer de l'HERA).
Les commissaires-désignés participeront à des auditions publiques au Parlement européen au cours de l'automne. Ensuite, la Commission dans son ensemble devra être acceptée par le Parlement lors d'un vote unique d'approbation. Enfin, le Conseil européen, statuant à la majorité qualifiée, nommera officiellement la nouvelle équipe dirigeante de la Commission, très probablement en décembre.
La nomination d'Oliver Várhelyi est loin d'être acquise, tant il a été critiqué pour avoir rompu avec la ligne officielle de la Commission et poursuivi un agenda dicté par Viktor Orbán. En 2019, le premier choix de la Hongrie, László Trócsányi, avait été rejeté par les eurodéputés, ce qui vaita conduit à la nomination de son remplaçant, M. Várhelyi. À l'époque, le parti Fidesz de M. Orbán appartenait au Parti populaire européen (PPE). Aujourd'hui, il est associé au parti d'extrême droite Patriotes pour l'Europe, autour duquel les partis centristes ont en principe établi un « cordon sanitaire ».
Le mandat d’Oliver Várhelyi a été entaché par une série de controverses, qui devraient refaire surface lors de son audition devant les députés européens.